SiRNA（小干扰RNA）是通过人工合成、转染细胞等手段进入细胞内，特异性降解针对基因的mRNA，从而抑制蛋白质的合成和表达的一种技术。本文将介绍一个设计siRNA序列的网站：SiDirect（http://sidirect2.rnai.jp/）。 siRNA设计的三个步骤 Step1. 输入目标基因的mRNA序列或NCBI ID 首先，在网站的主页上输入目标基因的mRNA序列或NCBI ID，并设定其特性（如siRNA长度，GC含量等）。网站会自动检索数据库，展示与目标序列相似的前1~5段序列。用户可以选择其中一个进行下一步分析。 Step2. 设计并评估siRNA序列的特异性和有效性 接着，在“siRNA Design Parameters”页面设置各项参数（如siRNA长度，全局比对次数等），并点击“Design siRNA”生成siRNA序列。网站会自动匹配序列，展示与siRNA序列有相同hit的非靶方向序列的数量（这个数字越小越好），以及siRNA序列的多个评估指标（如Tm值，自由能，特异性等）。如果用户需要更详细的信息，可单击siRNA序列后的“More info”链接。 Step3. 生成报告并下载siRNA序列 最后，在“SiRNA Search Result”页面，用户可以查看生成的针对目标基因的所有siRNA序列的评估结果、特性、详细信息等。如果用户需要，网站还提供了多个数据导出选项；例如，用户可以选择直接将结果复制到excel，或将数据保存为压缩文件（FASTA格式）。此外，在“Download siRNA”菜单下，还可以下载所有或局部siRNA序列。 shrRNA序列设计 shRNA（小发夹RNA）是由DNA模板合成的小RNA序列，可被RNA酶Dicer切割来产生siRNA。该技术不仅能有效抑制目标基因表达，且对于长期稳定表达有优势。本文将介绍一个设计shRNA序列的网站：RNAi Codex（https://riptargets.med.harvard.edu/）。 shRNA设计的三个步骤 Step1. 输入目标序列 首先，在“target”页面输入目标基因的mRNA序列。用户可以选择一个现有的数据库，如NCBI；或者上传一个自己的fasta文件。上传完成后，网站会给出该序列的所有基本信息。 Step2. 设计并优化shRNA序列 接着，在“design”页面中，选择想要设计的shRNA序列类型，并设置各项参数（如突变频率、GC含量等）。点击“design”后，网站会自动生成shRNA序列，并根据序列长度和设计目的推荐适合的载体。此外，网站还利用人工智能技术对设计出的序列进行了评估，展示shRNA序列的多项特性（如Tm值，自由能，配对情况等），以及其是否会形成二级结构等。用户可以对这些数据进行分析，选择最适合的序列进行下一步操作。 Step3. 分析shRNA序列的靶向性和有效性 最后，在“targets”页面中，输入用户感兴趣的基因，网站会对其进行靶向基因预测，并展示shRNA序列与该基因相互作用的所有信息，例如siRNA的靶序列，上调或下调表达量等。除此之外，用户还可以对这些数据进行可视化分析，比如绘制一些散点图或热图来探究序列的作用机制。 结尾 总之，以上两个网站均提供了安全、快捷、高效的siRNA或shRNA序列设计方案，有助于研究人员在RNA干扰技术方面取得更好的研究成果。