商标纠纷案件判决说理水平的主要因素与不足的问题是在法官在审理商标纠纷案件时，对相关法律、案件事实和证据应用的准确性和全面性。以下将从三个方面详细阐述这个问题。

一、法律知识与适用能力的重要性

在商标纠纷案件中，审判人员需要具备扎实的法律知识和良好的法律适用能力。首先，对商标法律法规的理解和运用能力至关重要。商标法的内容广泛，既包括了关于商标权的设立、转让和保护等基本规定，也包括了与商标相关的不正当竞争规定等。法官需要全面掌握法律的条文和解释，以便正确裁决纠纷案件。其次，法官还需要具备较高的法律逻辑思维能力和分析问题的能力，特别是在涉及相似商标、混淆误导等问题时，需要能够准确判断案件事实、确定责任和损失等。

二、对案件事实的准确把握

在商标纠纷案件中，法官需要准确把握案件事实，对证据进行分析评估。首先，需要锁定主要事实和关键性证据，以便建立案件事实的准确性。其次，需要运用证据规则和证据推理方法，对各方提供的证据进行把握和衡量。在关键证据的采信与排除、证据充分性等问题上，法官需要具备一定的专业技能和严谨态度，确保案件事实的真实性和客观性。

三、综合能力和裁判思维的发展

商标纠纷案件在实践中常常与其他法律问题交织在一起，要求法官具备较强的综合能力和裁判思维。首先，法官需要熟悉并运用相关领域的知识，如市场营销学、商业竞争法等，以便综合评估案件。其次，法官还需要通过积累经验和学习，提高自己的裁判思维能力，注重洞察案情中的规律、趋势和法律原理的应用，以便更好地处理和裁判各类商标纠纷案件。

综上所述，影响商标纠纷案件判决说理水平的主要因素与不足包括法律知识与适用能力、对案件事实的准确把握以及综合能力和裁判思维的发展。只有在这些方面不断提高，才能更好地维护商标权益、保障公平竞争。