商标是企业的重要财产之一，具有独立性、专属性和商品来源标识性的特点。然而，由于商标的价值和影响力，商标被侵权行为时有发生。当商标被侵害时，侵权人可以通过以下途径来申请保护。

一、行政途径

侵权人可以选择通过行政途径向相关政府机关申请商标保护。首先，侵权人可以向工商行政管理部门或知识产权局申请商标监管，并提供相关证据材料。如果被认定为商标侵权行为，相关机关将采取强制措施，例如要求停止侵权行为、处以罚款等。其次，侵权人还可以向海关申请商标保护。海关在进行进出口货物检验时，会对商标进行监控和查验，一旦发现侵权行为，将扣留侵权商品并通知商标权利人。通过行政途径申请商标保护，可以快速有效地打击侵权行为，并维护商标所有人的合法权益。

二、民事诉讼途径

侵权人还可以选择通过民事诉讼途径来申请商标保护。首先，侵权人可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人停止侵权行为、赔偿经济损失以及恢复商誉等。在诉讼过程中，侵权人需要提供充分的证据材料来证明商标被侵害的事实和损失的大小。其次，侵权人还可以选择通过仲裁机构来解决商标侵权纠纷。仲裁机构将根据双方的协商和相关法律规定进行调解，并作出裁决。通过民事诉讼途径申请商标保护，可以维护商标所有人的合法权益，并获得相应的经济赔偿。

三、刑事途径

严重的商标侵权行为可能构成刑事犯罪，侵权人可以选择通过刑事途径来申请商标保护。侵权人可以向公安机关报案，并提供相关证据材料，例如商标注册证书、侵权人在市场上销售的商品等。公安机关将对侵权人进行调查取证，并依法追究其刑事责任。商标侵权犯罪一旦定性，侵权人将面临刑事处罚，例如拘留、罚款等。通过刑事途径申请商标保护，可以起到震慑侵权人，减少侵权行为的发生。

综上所述，商标被侵权人可以通过行政途径、民事诉讼途径和刑事途径来申请保护。通过多种途径的综合利用，可以有效地打击商标侵权行为，保护商标所有人的合法权益。同时，侵权人在申请保护时应积极收集证据，选择合适的途径，并及时申请保护，以便尽快恢复自己的合法权益。