商标申请人与代理人之间的关系密切，他们通常是在商标注册过程中进行合作的关键角色。然而，当商标申请人与代理人系亲属或被视为恶意串通时，这可能会引起一些问题和争议。

首先，商标申请人与代理人系亲属可能存在利益冲突。亲属关系可能导致代理人在商标注册过程中不公正地对待其他申请人，尤其是如果亲属关系没有被透明地披露。此外，商标申请人与代理人之间的亲属关系可能导致代理人在商标注册过程中优先考虑亲属的利益，而不是真正为商标申请人争取更大利益。

其次，商标申请人与代理人视为恶意串通可能导致虚假的商标申请。当商标申请人与代理人合谋，以欺骗商标局或获得不公平的利益时，就构成了恶意串通行为。这种行为可能包括故意提供虚假资料、错误声明商标使用情况以及利用商标申请制度进行恶意侵权等。这种行为不仅严重损害了商标制度的公正性和有效性，还对其他申请人和消费者造成了不利影响。

最后，商标申请人与代理人系亲属或视为恶意串通也可能导致商标纠纷和法律诉讼的增加。当商标申请人与代理人存在利益冲突或进行虚假的商标申请时，可能会引发其他申请人或利益相关方对此提出异议，并采取法律行动来保护自己的权益。这不仅会给商标申请人和代理人带来法律风险和经济负担，更会给商标注册制度的运作带来困扰。

总之，商标申请人与代理人系亲属或被视为恶意串通是商标注册过程中需要警惕和避免的问题。透明、公正和诚信是商标注册制度的基石，只有在这样的基础上，商标申请人和代理人才能真正为申请人的利益和维护商标制度的公正性尽责。