商标共存协议是指在商标法保护下，两个或多个商标权利人之间达成的一种协议，允许它们在某个地区或某个领域内共同使用相似或相同的商标。这种协议通常是为了避免商标权利人之间的纠纷，争夺同一个市场份额。然而，商标共存协议在法律上是否合法，一直存在争议。

首先，商标共存协议需要符合商标法的相关规定。商标法要求商标必须具有独立性、显著性和差异性，不能与已注册商标相混淆。因此，商标共存协议中的商标应该各自具备独特和显著的特征，以避免产生混淆和误导消费者的情况。

其次，商标共存协议需要维护公平竞争的原则。商标是企业的重要资产之一，企业在市场竞争中通过商标来区分自身产品或服务与其他竞争对手的产品或服务。商标共存协议应确保各方在协议范围内保持公平竞争，不得进行不正当竞争或恶意使用对方商标的行为。

最后，商标共存协议需要获得专利商标局的认可。根据商标法的规定，商标的注册需要通过专利商标局进行审查和批准。商标共存协议涉及到商标的使用范围和权益划分等方面，因此，相关协议需要向专利商标局进行备案，获得其认可。只有经过专利商标局认可的商标共存协议，才具备法律效力。

综上所述，商标共存协议在符合商标法规定、维护公平竞争原则并获得专利商标局认可的情况下，是合法有效的。这种协议可以有利于减少商标权利人之间的争议，保护各方的商标权益，促进市场的健康发展。然而，商标共存协议的合法性和实践性还需要根据具体情况加以评估和处理，遵循商标法的原则和规定。