马德里商标注册协定和议定书是国际商标保护领域的两个重要文件。它们都旨在方便商标申请人在国际范围内进行商标注册，并提供了一种简化的程序。然而，这两个文件在某些方面存在一些区别，下面将详细介绍。

1. 登记范围不同

马德里商标注册协定主要适用于成员国之间的商标注册申请，即当申请人在一个成员国提交商标注册申请后，可以通过协定办公室将该申请扩展到其他成员国。而马德里商标注册议定书则进一步扩大了登记范围，不仅适用于成员国，还适用于与国际商标局签订了协议的非成员国。

2. 注册程序不同

在马德里商标注册协定下，商标申请人需要首先在所在提交商标注册申请，然后再通过协定办公室将该申请扩展到其他成员国。而在马德里商标注册议定书下，商标申请人只需在所在提交一份商标注册申请，然后通过协定办公室提交统一的国际商标注册申请，同时可以选择在申请中指定其他或地区。

3. 国内程序要求不同

马德里商标注册协定强调成员国应尽可能采用简化和迅速的审查程序，确保商标注册申请在合理时间内得到审理。而马德里商标注册议定书则更加注重国内程序的法律规定，要求各成员国在处理国际商标注册申请时要遵守国内法律程序，并告知国际商标局有关进展情况。

综上所述，马德里商标注册协定和议定书在登记范围、注册程序和国内程序要求等方面存在一定的差异。无论是申请人还是商标局都需要根据具体情况选择适合自身需求的文件进行商标注册申请，以达到更佳的商标保护效果。