商标使用许可合同是指商标权人与他人达成协议，允许对方在特定条件下使用商标的合同。合同备案是商标管理中的一项重要程序，但并非所有合同都能顺利备案。商标局会根据一定的情形对商标使用许可合同进行审查，并在一些特定情况下不予备案。

1. 与公共利益相悖

商标使用许可合同如果涉及到违反公共利益的内容，商标局就有可能不予备案。这包括但不限于：

- 合同内容涉及违法、违规行为，如侵犯知识产权、假冒伪劣等。

- 合同内容具有误导性，可能对消费者的权益造成损害。

- 合同涉及行业监管的政策禁止事项。

2. 变相授权或转让商标

商标使用许可合同如果存在变相授权或转让商标的情况，商标局将不予备案。这主要体现在以下两个方面：

- 合同约束力过大，使得商标权人实际失去对商标的控制权，从而变相转让了商标。

- 合同中明示或暗示许可人可享有其他超出许可使用范围的权益，如改变商标注册人、处分商标等，使得合同实际上具有了转让商标的效果。

3. 缺乏必要的主体资格和条件

商标使用许可合同的一方如果缺乏必要的主体资格和条件，商标局有可能不予备案。这包括但不限于：

- 合同一方是未取得合法注册的企业，或者是个人无法作为商标的合法使用者。

- 合同一方存在负有不良商业信用记录的情况，不符合商标管理的基本要求。

- 合同一方不能履行合同约定的义务，如无法提供足够的资金、技术能力等。

综上所述，商标使用许可合同不予备案的情形主要涵盖与公共利益相悖、变相授权或转让商标以及缺乏必要的主体资格和条件。商标系统的健康发展离不开对商标使用许可合同的严格审核，确保商标权利人和许可人双方的合法权益。