申请商标交易协议书是指申请人与被申请人就商标权交易事项达成一致的文件。在填写协议书时，需要包含以下几个重要的条款。

一、商标信息

商标信息条款应该包括商标名称、商标类别、商标注册号等基本信息。这些信息可以帮助确定交易的商标对象，并确保双方对于商标的认识一致。

二、交易方式

交易方式条款应明确商标交易的方式，可以是全权转让、许可使用或股权交易等。双方应就交易方式达成一致，并在协议中明确规定。

三、交易价格与支付方式

交易价格条款应确保双方对商标交易价格的认可，并明确支付方式和时间安排。双方应就价格进行充分讨论，并确认最终价格和支付方式。

四、商标权利转移手续

商标权利转移手续条款应确定交易完成后需要进行的手续和程序。例如，商标权利转移登记手续的办理以及法律文件的签署等。

五、违约责任

违约责任条款是协议中重要的一部分，明确了在协议履行过程中出现的违约情况及其责任。双方应明确违约的行为和相应的违约责任，并约定解决争议的方式。

六、保密义务

保密义务条款是保护商标交易双方商业利益的重要条款。双方应约定在商标交易过程中需要保守的商业秘密，并约定保密期限和违约责任。

结尾：

以上是申请商标交易协议书需要填写的主要条款。当然，根据实际情况，双方还可以根据需要在协议中增加其他具体条款。在填写商标交易协议书时，双方应充分沟通、协商，并严格遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。